Proponente: Pedro Manoel Galetti Junior, DGE/UFSCar

Introdução:

Os marcadores microssatélites, ou Seqüências Curtas Repetidas (SSRs), são trechos de repetições em “tandem” compostos por unidades curtas de DNA (1 a 6 pares de bases. Estas seqüências podem ser encontradas tanto em regiões codificantes quanto não codificantes. A presença de SSRs em regiões transcritas de genes conhecidos sugere que elas devam exercer algum papel na expressão ou função gênica. Em humanos, expansões trinucleotídicas em regiões codificantes têm sido comumente associadas a doenças de origem neuropatológica. A análise funcional dessas seqüências também tem sido utilizada como um modelo eficiente para estudos de metabolismo e evolução gênica.

Devido ao seu alto grau de polimorfismo, os microssatélites se constituem numa importante ferramenta para estudos de variabilidade genética, mapeamento gênico e identificação de locos relacionados a características quantitativas (QTLs). O comportamento co-dominante dos locos microssatélites, onde os heterozigotos podem ser identificados, juntamente com o seu alto número de alelos, sugere que os marcadores SSR possuam o mais elevado conteúdo de informação de polimorfismo, podendo oferecer a grande possibilidade de identificar, mapear e medir os efeitos dos principais fatores genéticos envolvidos no controle de características de importância econômica.

Marcas SSRs têm sido isoladas através da construção de bibliotecas genômicas, proveniente de digestão do DNA com enzimas de restrição, através do isolamento de fragmentos resultantes da amplificação de DNA (PIMA-"PCR Isolation of Microsatellites Arrays") e também a partir da análise de seqüências expressas ou ESTs ("Expressed Sequence Tags"). O desenvolvimento de diferentes Projetos Genoma e a maior disponibilidade de dados genômicos tem possibilitado a caracterização de SSRs-ESTs para diferentes espécies. SSRs parecem ser relativamente abundantes no genoma de muitos taxa, tendo sido investigadas em vários grupos de animais e vegetais. Análises realizadas a partir de ESTs descritos para diferentes cultivares demonstraram que cerca de 1,5% e 4,7% das seqüências ESTs analisadas em milho e arroz, respectivamente, continham marcadores de microssatélites.

Objetivos:

O presente projeto tem como objetivo identificar seqüências microssatélites na espécie Litopenaeus vannamei a partir da análise de seqüências expressas disponíveis no banco de dados do Projeto Genoma EST do camarão Litopenaeus vannamei.

Metodologia:

          As seqüências ESTs depositadas no banco de dados do Projeto Genoma EST do Camarão Litopenaeus vannamei (http:// www.shrimp.ufscar.br) serão inicialmente submetidas a uma varredura para detecção das SSRs, utilizando-se o programa computacional Tandem Repeats Finder,  versão 3.21, disponível na http://tandem.bu.edu (Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences, ''Nucleic Acids Research,1999. vol. 27, No. 2, pp. 573-580). Após o screening inicial, as seqüências expressas que contiverem repetições microssatélites (SSR-EST) deverão ser categorizadas, visando-se a localização exata do SSR dentro do EST analisado. Todas as seqüências consideradas SSR-EST serão catalogadas e posteriormente "clusterizadas" para identificação da região motif e de suas respectivas regiões flanqueadoras.

Equipe:

Patrícia Domingues de Freitas (pós-doc/FAPESP)

Pedro Manoel Galetti Junior (DGE/UFSCar)