Proponente: Sandro Luis Bonatto, PUCRS

Introdução:

Em trabalho recentemente publicado, Philippe et al. (2004) revisaram a filogenia dos eucariotos utilizando dados gerados por diversos Projetos Genomas EST de diferentes organismos. Com esta abordagem foi possível avaliar 129 proteínas ortólogas de 36 espécies de eucariotos. Apesar da grande quantidade de seqüências analisadas, alguns grupos monofiléticos foram recuperados com valores de bootstrap menores de 100%. Um exemplo disso foi o grupo dos protostomados que foi recuperado com valores de bootstrap de 57 e 69%. Os autores apontam como principal problema a atração de ramos longos ocasionada pela escassez de espécies amostradas, tais como a inexistência de crustáceos na análise. A monofilia dos protostomados continua confusa já que vários autores sugerem a parafilia deste clado, agrupando artrópodes e deuterostomados, excluindo os nematódeos.

Objetivos:

Os objetivos deste subprojeto são: (1) reavaliar a filogenia dos protostomados acrescentando seqüências do camarão L. vannamei, e possivelmente outras espécies obtidas de outros projetos semellhantes, ao conjunto de dados de Philippe et al. (2004) e refazendo a sua filogenia, (2) comparar os diferentes métodos de inferência filogenética e (3) comparar diferentes conjuntos de dados para a resolução das filogenias.

Atividades propostas:

            . Identificação e alinhamento de proteínas e genes ortólogos

A metodologia de montagem dos clusters e dos alinhamentos seguirá aquela descrita por Philippe et al. (2004).

            . Análise filogenética

            Para a análise filogenética utilizaremos os métodos de máxima verossimilhança, distância e análise bayesiana. Serão reconstruídas árvores com os dados concatenados bem como para cada cluster de seqüências homólogas. Também será avaliado o número de clusters mínimo necessários para se obter alto suporte às arvores reconstruídas conforme Rokas et al. (2003).

Participantes:

-          PUCRS: Sandro Luis Bonatto e André Schnorr (Bolsista DTI)

Referências:

Philippe, H.; Snell, E. A.; Bapteste, E.; Lopez, P.; Holland, P. W. H. & Casane, D. (2004) Phylogenomics of eukaryotes: Impact of missing data on large aligments. Mol. Biol. Evol. 21 (9), 1740-1752.

Rokas, A.; Williams, B. L.; King, N. & Carroll, S. B. (2003) Genome-scale approaches to resolving incongruence in molecular phylogenies. Nature 425 798-804.